NGS Panel
Die NGS-Panel-Diagnostik umfasst die gleichzeitige Analyse mehrerer Gene, welche in einem sogenannten „NGS-Panel“ zusammengefasst sind und parallel bearbeitet werden. Je nachdem welche Tumorerkrankung vorliegt, sind inzwischen mehrere unterschiedliche Gendefekte für eine Beurteilung des Tumors und eine mögliche Therapie interessant. Diese relevanten Gene werden alle zusammen analysiert, damit die Tumorerkrankung bestmöglich beschrieben wird, und entsprechende personalisierte Therapien eingeleitet werden können.
Wir nutzen einerseits einen von uns individuell zusammengestellten GENOPATH-Panel, welcher die relevanten Gene für einige Entitäten (Krebs-Arten) abdeckt und eine besonders kurze Bearbeitungszeit hat. Des Weiteren nutzen wir mehrere NGS-Panel der Firmen Archer/Invitae, Illumina, Qiagen und AmoyDX, mit denen zahlreiche Genmutationen und -Translokationen detektiert werden können.
Auf der Seite Tumordiagnostik wird bei der Beschreibung der unterschiedlichen Entitäten darauf verwiesen, mit welchem Panel die jeweils relevantesten Gene analysiert werden können.
Natürlich können auch Einzel-Gen-Anforderungen durchgeführt werden – alle Gene, die in unserem Labor analysiert werden können, finden Sie hier unten auf dieser Seite.
Genopath-Panel V4 (Qiagen):
KRAS, NRAS, BRAF, EGFR, CALR, CTNNB1, ERBB2/HER2, ESR1, FOXL2, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, MET, MPL, PDGFRA, PIK3CA, POLE, TP53
BRCA1/2-Panel (Qiagen):
BRCA1, BRCA2
VariantPlex HS Universal Solid Tumor-Panel (Archer/IDT):
Bestimmung von Kopienzahlveränderungen (CNVs)
AKT1, ALK, APC, AR*, BRAF*, CDK4, CDKN2A, CTNNB1, DDR2, EGFR*, ERBB2*/3*/4, ESR1, FBXW7, FGFR1*/2*/3*, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HRAS, IDH1/2, JAK2, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1/2, MET*, MTOR, MYC*, NOTCH1/2/3/4, NRAS, NTRK1/2/3, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RAF1, RB1, RET, ROS1, SMAD4, SMO, STK11, TERT, TP53, VHL (* CNV inkl.)
Nur CNV: CDK6, RICTOR
LiquidPlex Universal Solid Tumor-Panel (Archer/IDT):
AKT1, ALK, AR*, BRAF*, CTNNB1, EGFR*, ERBB2*, ERBB3*, ESR1, FGFR1*, FGFR2*, FGFR3*, HRAS, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MAP2K1, MET*, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, RET, ROS1, TP53 (* CNV inkl.)
Nur CNV: CDK6
VariantPlex Comprehensive Thyroid & Lung (Archer/IDT):
AKT1, ALK*, BRAF, CTNNB1, DDR2*, EGFR*, EIF1AX, ERBB2*, FGFR1*, FGFR2*, FGFR3*, GNAS*, HRAS, IDH1, IDH2, KIT*, KRAS*, MAP2K1, MET*, NRAS*, PDGFRA*, PIK3CA*, PTEN*, RET*, ROS1, STK11*, TERT, TP53*, TSHR (*CNV inkl.)
NUR CNV: CCND1, MDM2
BRCAness-/HRR-Panel (Homologous Recombination Repair-Gene) (AmoyDX):
BRCA1, BRCA2, AR, ATM, ATR, BARD1, BRIP1, CDH1, CDK12, CHEK1, CHEK2, ESR1, FANCA, FANCL, HDAC2, HOXB13, MRE11, NBN, PALB2, PPP2R2A, PTEN, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, STK11, TP53, BRAF, ERBB2, KRAS, NRAS, PIK3CA
HRD Focus-Panel (Homologous Recombination Deficiency) (AmoyDX):
BRCA1 BRCA2, GenomicScarScore (GSS)
TruSight Oncology 500 (TSO500)/ TruSight Oncology 500 HRD (zusätzliche HRD Diagnostik in TSO500HRD Panel) (Illumina):
523 Gene, Bestimmung von Kopienzahlveränderungen (CNVs), Tumor Mutational Burden (TMB) und - bei Bedarf zusätzlich HRD Diagnostik (TSO500HRD)
ABL1, ABL2, ACVR1, ACVR1B, AKT1, AKT2*, AKT3, ALK*, ALOX12B, ANKRD11, ANKRD26, APC, AR*, ARAF, ARFRP1, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ASXL1, ASXL2, ATM*, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF*, BRCA1*, BRCA2*, BRD4, BRIP1, BTG1, BTK, C11orf30, CALR, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1*, CCND2, CCND3*, CCNE1*, CD274, CD276, CD74, CD79A, CD79B, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4*, CDK6*, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1*, CHEK2*, CIC, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSF1R, CSF3R, CSNK1A1, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUX1, CXCR4, CYLD, DAXX, DCUN1D1, DDR2, DDX41, DHX15, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, E2F3, EED, EGFL7, EGFR*, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, EML4, EP300, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, ERBB2*, ERBB3*, ERBB4, ERCC1*, ERCC2*, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1*, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EZH2, FAM123B, FAM175A, FAM46C, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAT1, FBXW7, FGF1*, FGF10*, FGF14*, FGF19*, FGF2*, FGF23*, FGF3*, FGF4*, FGF5*, FGF6*, FGF7*, FGF8*, FGF9*, FGFR1*, FGFR2*, FGFR3*, FGFR4*, FH, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4, GLI1, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HGF, HIST1H1C, HIST1H2BD, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3A, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HNF1A, HNRNPK, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IL10, IL7R, INHA, INHBA, INPP4A, INPP4B, INSR, IRF2, IRF4, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2*, JAK3, JUN, KAT6A, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT*, KLF4, KLHL6, KMT2B, KMT2C, KMT2D, KRAS*, LAMP1*, LATS1, LATS2, LMO1, LRP1B, LYN, LZTR1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K4, MAPK1, MAPK3, MAX, MCL1, MDC1, MDM2*, MDM4*, MED12, MEF2B, MEN1, MET*, MGA, MITF, MLH1, MLL, MLLT3, MPL, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MST1, MST1R, MTOR, MUTYH, MYB, MYC*, MYCL1*, MYCN*, MYD88, MYOD1, NAB2, NBN, NCOA3, NCOR1, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS*, NRG1*, NSD1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, NUTM1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PAX3, PAX5, PAX7, PAX8, PBRM1, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA*, PDGFRB*, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA*, PIK3CB*, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, PPARG, PPM1D, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP6C, PRDM1, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN*, PTPN11, PTPRD, PTPRS, PTPRT, QKI, RAB35, RAC1, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1*, RANBP2, RARA, RASA1, RB1, RBM10, RECQL4, REL, RET*, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR*, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1*, RPS6KB2, RPTOR, RUNX1, RUNX1T1, RYBP, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SETBP1, SETD2, SF3B1, SH2B3, SH2D1A, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG1, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STK11, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF7L2, TERC, TERT, TET1, TET2, TFE3, TFRC*, TGFBR1, TGFBR2, TMEM127, TMPRSS2, TNFAIP3, TNFRSF14, TOP1, TOP2A, TP53, TP63, TRAF2, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, U2AF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WISP3, WT1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, ZBTB2, ZBTB7A, ZFHX3, ZNF217, ZNF703, ZRSR2 (* CNV inkl.)
FusionPlex Expanded Lung-Panel (Archer/IDT):
Translokationen der Gene: ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, PIK3CA, RET, ROS1
FusionPlex Sarcoma-Panel (Archer/IDT):
Translokationen der Gene ALK, BCOR, BRAF, CAMTA1, CCNB3, CIC, CSF1, EGFR, EPC1, ERG, ESR1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FOS, FOSB, FOXO1, FUS, GLI1, HMGA2, JAZF1, MBTD1, MDM2, MEAF6, MET, MGEA5, MKL2, NCOA1, NCOA2, NCOA3, NR4A3, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, PAX3, PDGFB, PDGFRA, PHF1, PLAG1, PRKCA, PRKCB, PRKCD, RAF1, RET, ROS1, SS18, STAT6, TAF15, TCF12, TFE3, TFG, USP6, VGLL2, YAP1, YWHAE
FusionPlex Myeolid Focus-Panel (Archer/IDT):
BCR-ABL Fusion, Fusionen der Gene CBFB, KMT2A, RBM15, NUP98, NUP214, RARA, RUNX1
FusionPlex Pan Cancer-Panel (Archer/IDT):
Translokationen der Gene ACVR2A, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, AR, ARHGAP26, ARHGAP6, AXL, BCOR, BRAF, BRD3, BRD4, CAMTA1, CCNB3, CCND1, CD274, CIC, CRTC1, CSF1, CSF1R, CTNNB1, DNAJB1, EGF, EGFR, EPC1, ERBB2, ERBB4, ERG, ESR1, ESRRA, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, FGF1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGR, FOS, FOSB, FOXO1, FOXO4, FOXR2, FUS, GLI1, GRB7, HMGA2, HRAS, IDH1, IDH2, IGF1R, INSR, JAK2, JAK3, JAZF1, KIT, KRAS, MAML2, MAP2K1, MAST1, MAST2, MBTD1, MDM2, MEAF6, MET, MGEA5, MKL2, MN1, MSMB, MUSK, MYB, MYBL1, MYC, MYOD1, NCOA1, NCOA2, NCOA3, NFATC2, NFE2L2, NFIB, NOTCH1, NOTCH2, NR4A3, NRAS, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUMBL, NUTM1, PAX3, PAX8, PDGFB, PDGFD, PDGFRA, PDGFRB, PHF1, PHKB, PIK3CA, PKN1, PLAG1, PPARG, PRDM10, PRKACA, PRKACB, PRKCA, PRKCB, PRKCD, PRKD1, PRKD2, PRKD3, RAD51B, RAF1, RELA, RET, ROS1, RSPO2, RSPO3, SS18, SS18L1, STAT6, TAF15, TCF12, TERT, TFE3, TFEB, TFG, THADA, TMPRSS2, USP6, VGLL2, WWTR1, YAP1, YWHAE