NGS Panel
Die NGS-Panel-Diagnostik umfasst die gleichzeitige Analyse mehrerer Gene, welche in einem sogenannten „NGS-Panel“ zusammengefasst sind und parallel bearbeitet werden. Je nachdem welche Tumorerkrankung vorliegt, sind inzwischen mehrere unterschiedliche Gendefekte für eine Beurteilung des Tumors und eine mögliche Therapie interessant. Diese relevanten Gene werden alle zusammen analysiert, damit die Tumorerkrankung bestmöglich beschrieben wird, und entsprechende personalisierte Therapien eingeleitet werden können.
Wir nutzen einerseits einen von uns individuell zusammengestellten GENOPATH-Panel, welcher die relevanten Gene für einige Entitäten (Krebs-Arten) abdeckt und eine besonders kurze Bearbeitungszeit hat. Des Weiteren nutzen wir mehrere NGS-Panel der Firmen Archer/Invitae, Illumina, Qiagen und AmoyDX, mit denen zahlreiche Genmutationen und -Translokationen detektiert werden können.
Auf der Seite Tumordiagnostik wird bei der Beschreibung der unterschiedlichen Entitäten darauf verwiesen, mit welchem Panel die jeweils relevantesten Gene analysiert werden können.
Natürlich können auch Einzel-Gen-Anforderungen durchgeführt werden – alle Gene, die in unserem Labor analysiert werden können, finden Sie hier unten auf dieser Seite.
Genopath-Panel V4 (Qiagen):
KRAS, NRAS, BRAF, EGFR, CALR, CTNNB1, ERBB2/HER2, ESR1, FOXL2, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, MET, MPL, PDGFRA, PIK3CA, POLE, TP53
BRCA1/2-Panel (Qiagen):
BRCA1, BRCA2
VariantPlex HS Universal Solid Tumor-Panel (Archer/IDT):
Bestimmung von Kopienzahlveränderungen (CNVs)
AKT1, ALK, APC, AR*, BRAF*, CDK4, CDKN2A, CTNNB1, DDR2, EGFR*, ERBB2*/3*/4, ESR1, FBXW7, FGFR1*/2*/3*, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HRAS, IDH1/2, JAK2, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1/2, MET*, MTOR, MYC*, NOTCH1/2/3/4, NRAS, NTRK1/2/3, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RAF1, RB1, RET, ROS1, SMAD4, SMO, STK11, TERT, TP53, VHL (* CNV inkl.)
Nur CNV: CDK6, RICTOR
LiquidPlex Universal Solid Tumor-Panel (Archer/IDT):
AKT1, ALK, AR*, BRAF*, CTNNB1, EGFR*, ERBB2*, ERBB3*, ESR1, FGFR1*, FGFR2*, FGFR3*, HRAS, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MAP2K1, MET*, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, RET, ROS1, TP53 (* CNV inkl.)
Nur CNV: CDK6
VariantPlex Comprehensive Thyroid & Lung (Archer/IDT):
AKT1, ALK*, BRAF, CTNNB1, DDR2*, EGFR*, EIF1AX, ERBB2*, FGFR1*, FGFR2*, FGFR3*, GNAS*, HRAS, IDH1, IDH2, KIT*, KRAS*, MAP2K1, MET*, NRAS*, PDGFRA*, PIK3CA*, PTEN*, RET*, ROS1, STK11*, TERT, TP53*, TSHR (*CNV inkl.)
NUR CNV: CCND1, MDM2
BRCAness-/HRR-Panel (Homologous Recombination Repair-Gene) (AmoyDX):
BRCA1, BRCA2, AR, ATM, ATR, BARD1, BRIP1, CDH1, CDK12, CHEK1, CHEK2, ESR1, FANCA, FANCL, HDAC2, HOXB13, MRE11, NBN, PALB2, PPP2R2A, PTEN, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, STK11, TP53, BRAF, ERBB2, KRAS, NRAS, PIK3CA
HRD Focus-Panel (Homologous Recombination Deficiency) (AmoyDX):
BRCA1 BRCA2, GenomicScarScore (GSS)
TruSight Oncology 500 (TSO500)/ TruSight Oncology 500 HRD (zusätzliche HRD Diagnostik in TSO500HRD Panel) (Illumina):
523 Gene, Bestimmung von Kopienzahlveränderungen (CNVs), Tumor Mutational Burden (TMB) und InterMH Guide Bewertung- bei Bedarf zusätzlich HRD Diagnostik (TSO500HRD)
ABL1, ABL2, ACVR1, ACVR1B, AKT1, AKT2*, AKT3, ALK*, ALOX12B, ANKRD11, ANKRD26, APC, AR*, ARAF, ARFRP1, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ASXL1, ASXL2, ATM*, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF*, BRCA1*, BRCA2*, BRD4, BRIP1, BTG1, BTK, C11orf30, CALR, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1*, CCND2, CCND3*, CCNE1*, CD274, CD276, CD74, CD79A, CD79B, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4*, CDK6*, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1*, CHEK2*, CIC, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSF1R, CSF3R, CSNK1A1, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUX1, CXCR4, CYLD, DAXX, DCUN1D1, DDR2, DDX41, DHX15, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, E2F3, EED, EGFL7, EGFR*, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, EML4, EP300, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, ERBB2*, ERBB3*, ERBB4, ERCC1*, ERCC2*, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1*, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EZH2, FAM123B, FAM175A, FAM46C, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAT1, FBXW7, FGF1*, FGF10*, FGF14*, FGF19*, FGF2*, FGF23*, FGF3*, FGF4*, FGF5*, FGF6*, FGF7*, FGF8*, FGF9*, FGFR1*, FGFR2*, FGFR3*, FGFR4*, FH, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4, GLI1, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HGF, HIST1H1C, HIST1H2BD, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3A, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HNF1A, HNRNPK, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IL10, IL7R, INHA, INHBA, INPP4A, INPP4B, INSR, IRF2, IRF4, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2*, JAK3, JUN, KAT6A, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT*, KLF4, KLHL6, KMT2B, KMT2C, KMT2D, KRAS*, LAMP1*, LATS1, LATS2, LMO1, LRP1B, LYN, LZTR1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K4, MAPK1, MAPK3, MAX, MCL1, MDC1, MDM2*, MDM4*, MED12, MEF2B, MEN1, MET*, MGA, MITF, MLH1, MLL, MLLT3, MPL, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MST1, MST1R, MTOR, MUTYH, MYB, MYC*, MYCL1*, MYCN*, MYD88, MYOD1, NAB2, NBN, NCOA3, NCOR1, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS*, NRG1*, NSD1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, NUTM1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PAX3, PAX5, PAX7, PAX8, PBRM1, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA*, PDGFRB*, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA*, PIK3CB*, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, PPARG, PPM1D, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP6C, PRDM1, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN*, PTPN11, PTPRD, PTPRS, PTPRT, QKI, RAB35, RAC1, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1*, RANBP2, RARA, RASA1, RB1, RBM10, RECQL4, REL, RET*, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR*, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1*, RPS6KB2, RPTOR, RUNX1, RUNX1T1, RYBP, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SETBP1, SETD2, SF3B1, SH2B3, SH2D1A, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG1, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STK11, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF7L2, TERC, TERT, TET1, TET2, TFE3, TFRC*, TGFBR1, TGFBR2, TMEM127, TMPRSS2, TNFAIP3, TNFRSF14, TOP1, TOP2A, TP53, TP63, TRAF2, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, U2AF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WISP3, WT1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, ZBTB2, ZBTB7A, ZFHX3, ZNF217, ZNF703, ZRSR2 (* CNV inkl.)
FusionPlex Expanded Lung-Panel (Archer/IDT):
Translokationen der Gene: ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, PIK3CA, RET, ROS1
FusionPlex Sarcoma-Panel (Archer/IDT):
Translokationen der Gene ALK, BCOR, BRAF, CAMTA1, CCNB3, CIC, CSF1, EGFR, EPC1, ERG, ESR1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FOS, FOSB, FOXO1, FUS, GLI1, HMGA2, JAZF1, MBTD1, MDM2, MEAF6, MET, MGEA5, MKL2, NCOA1, NCOA2, NCOA3, NR4A3, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, PAX3, PDGFB, PDGFRA, PHF1, PLAG1, PRKCA, PRKCB, PRKCD, RAF1, RET, ROS1, SS18, STAT6, TAF15, TCF12, TFE3, TFG, USP6, VGLL2, YAP1, YWHAE
FusionPlex Myeolid Focus-Panel (Archer/IDT):
BCR-ABL Fusion, Fusionen der Gene CBFB, KMT2A, RBM15, NUP98, NUP214, RARA, RUNX1
FusionPlex Pan Cancer-Panel (Archer/IDT):
Translokationen der Gene ACVR2A, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, AR, ARHGAP26, ARHGAP6, AXL, BCOR, BRAF, BRD3, BRD4, CAMTA1, CCNB3, CCND1, CD274, CIC, CRTC1, CSF1, CSF1R, CTNNB1, DNAJB1, EGF, EGFR, EPC1, ERBB2, ERBB4, ERG, ESR1, ESRRA, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, FGF1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGR, FOS, FOSB, FOXO1, FOXO4, FOXR2, FUS, GLI1, GRB7, HMGA2, HRAS, IDH1, IDH2, IGF1R, INSR, JAK2, JAK3, JAZF1, KIT, KRAS, MAML2, MAP2K1, MAST1, MAST2, MBTD1, MDM2, MEAF6, MET, MGEA5, MKL2, MN1, MSMB, MUSK, MYB, MYBL1, MYC, MYOD1, NCOA1, NCOA2, NCOA3, NFATC2, NFE2L2, NFIB, NOTCH1, NOTCH2, NR4A3, NRAS, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUMBL, NUTM1, PAX3, PAX8, PDGFB, PDGFD, PDGFRA, PDGFRB, PHF1, PHKB, PIK3CA, PKN1, PLAG1, PPARG, PRDM10, PRKACA, PRKACB, PRKCA, PRKCB, PRKCD, PRKD1, PRKD2, PRKD3, RAD51B, RAF1, RELA, RET, ROS1, RSPO2, RSPO3, SS18, SS18L1, STAT6, TAF15, TCF12, TERT, TFE3, TFEB, TFG, THADA, TMPRSS2, USP6, VGLL2, WWTR1, YAP1, YWHAE
Panel für die Mutations-Diagnostik (DNA)
Panel für die Translokationsdiagnostik (RNA)
Interpretation der Daten
HSMD (Qiagen):
Für die Interpretation der nachgewiesenen Mutationen wird neben verschiedenen öffentlichen Datenbanken (ClinVar, OncoKB, CKB, u.a.), primär die webbasierte "Human Somatic Mutation Database" (HSMD) der Firma Qiagen herangezogen, die die Mutationseinstufungen verschiedener Datenbanken mit Interpretationen aus der Literatur verknüpft. Zudem sind hier zahlreiche Information über Therapien und Studien, aber auch über die Gene selbst abrufbar. Diese von Experten kuratierte Datenbank enthält Inhalte aus über 400.000 klinischen Onkologiefällen aus der Praxis, kombiniert mit Inhalten aus der Qiagen Knowledge Base (QKB), die Informationen auf Gen-, Mutations- und Krankheitsebene bereitstellt.
MH Guide (Molecular Health):
Bei umfangreichen Multigen-Analysen erfolgt die Bewertung und Interpretation der Ergebnisse u.a. über die MH Guide-Plattform von Molecular Health. MH Guide ist eine Analyse-Software, die Molekularpathologen bei der Analyse umfangreicher molekularer Datensätze unterstützt. Sie identifiziert automatisiert die genetischen Varianten, die für die Behandlung der Patienten relevant sind. Durch die Anwendung von Dataome – einer der weltweit größten, von Experten kuratierten, lernenden Datenbanken – übersetzt MH Guide diese Informationen in direkt anwendbares klinisches Wissen, welches in einem Report zusammengefasst wird. Die Datenbank liefert neben der molekularen auch eine prognostische und prädiktive Einstufung der Mutationen. Es werden zu jeder Mutation erfolgsversprechende Therapieoptionen vorgeschlagen, sowie geprüft, ob aktuelle - zum Patienten passende - Studien international verfügbar sind.