NGS Panel
Die NGS-Panel-Diagnostik umfasst die gleichzeitige Analyse mehrerer Gene, welche in einem sogenannten „NGS-Panel“ zusammengefasst sind und parallel bearbeitet werden. Je nachdem welche Tumorerkrankung vorliegt, sind inzwischen mehrere unterschiedliche Gendefekte für eine Beurteilung des Tumors und eine mögliche Therapie interessant. Diese relevanten Gene werden alle zusammen analysiert, damit die Tumorerkrankung bestmöglich beschrieben wird, und entsprechende personalisierte Therapien eingeleitet werden können.
Wir nutzen einerseits einen von uns individuell zusammengestellten GENOPATH-Panel, welcher die relevanten Gene für einige Entitäten (Krebs-Arten) abdeckt und eine besonders kurze Bearbeitungszeit hat. Des Weiteren nutzen wir mehrere NGS-Panel der Firmen Archer/IDT, Illumina und Qiagen, mit denen zahlreiche Genmutationen und -Translokationen detektiert werden können.
Auf der Seite Tumordiagnostik wird bei der Beschreibung der unterschiedlichen Entitäten darauf verwiesen, mit welchem Panel die jeweils relevantesten Gene analysiert werden können.
Natürlich können auch Einzel-Gen-Anforderungen durchgeführt werden – alle Gene, die in unserem Labor analysiert werden können, finden Sie hier unten auf dieser Seite.
Das Verfahren der Liquid Biopsy („Flüssigbiopsie“) ermittelt und analysiert zellfreie Tumor-DNA (ctDNA, „circulating tumor“ DNA) im Blut von Krebspatienten und ist momentan hauptsächlich als Therapiekontrolle erkrankter Patienten im Einsatz. Klassischerweise wurden hierfür Gewebeproben entnommen, was für Betroffene ein schmerzhafter Eingriff ist – der Einsatz von Liquid Biopsy Verfahren ist hingegen nicht-invasiv und kann ctDNA, welche von den Tumorzellen ins Blut abgegeben wird, mit vergleichbarer Genauigkeit nachweisen. Grundvoraussetzung hierfür ist die Möglichkeit zum hochsensitiven Nachweis der ctDNA (z.B. mittels NGS-Methodik), da nur sehr kleine Mengen Tumor-DNA im Blut zirkulieren.
In unserem GENOPATH Liquid Biopsy Panel sind unter anderem Gene enthalten, welche für Therapieentscheidungen bei Mammakarzinomen (ESR1 und PIK3CA) und NSCLC (EGFR und MET) von Bedeutung sind:
LiquidPlex Custom-Panel Genopath Solid Tumor (GST) (Archer/IDT):
BRAF, EGFR, ESR1, ERBB2 (HER2), KRAS, MET, NRAS, PIK3CA (für Infos zu ESR1-Mutationen beim Mammakarzinom, siehe hier)
LiquidPlex Universal Solid Tumor-Panel (UST) (Archer/IDT):
AKT1, ALK, AR, BRAF, CTNNB1, EGFR, ERBB2 (HER2), ERBB3, ESR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, HRAS, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, RET, ROS1, TP53
Panel für die Mutations-Diagnostik (DNA)
QIAseq Custom-Panel GENOPATH V4 (Qiagen):
KRAS, NRAS, BRAF, EGFR, CALR, CTNNB1, ERBB2 (HER2), ESR1, FOXL2, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, MET, MPL, PDGFRA, PIK3CA, POLE, TP53
BRCA1/2-Panel (Qiagen):
BRCA1, BRCA2
Custom-Panel VariantPlex Genopath Solid Tumor (GST) (Archer/IDT):
Bestimmung von Kopienzahlveränderungen (CNVs)
AKT1, ALK, APC, AR*, BRAF*, CDK4, CDKN2A, CTNNB1, DDR2, EGFR*, ERBB2 (HER2)*/3*/4, ESR1, FBXW7, FGFR1*/2*/3*, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HRAS, IDH1/2, JAK2, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1/2, MDM2, MET*, MTOR, MYC*, NFE2L2, NOTCH1/2/3/4, NRAS, NTRK1/2/3, PDGFRA, PIK3CA, POLE, PTEN, RAF1, RB1, RET, ROS1, SMAD4, SMO, STK11, TERT, TP53, VHL (* CNV inkl.)
Nur CNV: CDK6, RICTOR
TruSight Oncology 500 (TSO500)
TruSight Oncology 500 HRD (zusätzliche HRD Diagnostik in TSO500HRD Panel) (Illumina):
523 Gene, Bestimmung von Kopienzahlveränderungen (CNVs), Tumor Mutational Burden (TMB) und InterMH Guide Bewertung- bei Bedarf zusätzlich HRD Diagnostik (TSO500HRD)
ABL1, ABL2, ACVR1, ACVR1B, AKT1, AKT2*, AKT3, ALK*, ALOX12B, ANKRD11, ANKRD26, APC, AR*, ARAF, ARFRP1, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ASXL1, ASXL2, ATM*, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF*, BRCA1*, BRCA2*, BRD4, BRIP1, BTG1, BTK, C11orf30, CALR, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1*, CCND2, CCND3*, CCNE1*, CD274, CD276, CD74, CD79A, CD79B, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4*, CDK6*, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1*, CHEK2*, CIC, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSF1R, CSF3R, CSNK1A1, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUX1, CXCR4, CYLD, DAXX, DCUN1D1, DDR2, DDX41, DHX15, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, E2F3, EED, EGFL7, EGFR*, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, ELOC (TCEB1), EML4, EP300, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, ERBB2 (HER2)*, ERBB3*, ERBB4, ERCC1*, ERCC2*, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1*, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EZH2, FAM123B, FAM175A, FAM46C, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAT1, FBXW7, FGF1*, FGF10*, FGF14*, FGF19*, FGF2*, FGF23*, FGF3*, FGF4*, FGF5*, FGF6*, FGF7*, FGF8*, FGF9*, FGFR1*, FGFR2*, FGFR3*, FGFR4*, FH, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4, GLI1, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HGF, HIST1H1C, HIST1H2BD, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3A, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HNF1A, HNRNPK, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IL10, IL7R, INHA, INHBA, INPP4A, INPP4B, INSR, IRF2, IRF4, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2*, JAK3, JUN, KAT6A, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT*, KLF4, KLHL6, KMT2B, KMT2C, KMT2D, KRAS*, LAMP1*, LATS1, LATS2, LMO1, LRP1B, LYN, LZTR1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K4, MAPK1, MAPK3, MAX, MCL1, MDC1, MDM2*, MDM4*, MED12, MEF2B, MEN1, MET*, MGA, MITF, MLH1, MLL, MLLT3, MPL, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MST1, MST1R, MTOR, MUTYH, MYB, MYC*, MYCL1*, MYCN*, MYD88, MYOD1, NAB2, NBN, NCOA3, NCOR1, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS*, NRG1*, NSD1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, NUTM1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PAX3, PAX5, PAX7, PAX8, PBRM1, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA*, PDGFRB*, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA*, PIK3CB*, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, PPARG, PPM1D, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP6C, PRDM1, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN*, PTPN11, PTPRD, PTPRS, PTPRT, QKI, RAB35, RAC1, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1*, RANBP2, RARA, RASA1, RB1, RBM10, RECQL4, REL, RET*, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR*, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1*, RPS6KB2, RPTOR, RUNX1, RUNX1T1, RYBP, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SETBP1, SETD2, SF3B1, SH2B3, SH2D1A, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG1, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STK11, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TBX3, TCEB1 (ELOC), TCF3, TCF7L2, TERC, TERT, TET1, TET2, TFE3, TFRC*, TGFBR1, TGFBR2, TMEM127, TMPRSS2, TNFAIP3, TNFRSF14, TOP1, TOP2A, TP53, TP63, TRAF2, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, U2AF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WISP3, WT1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, ZBTB2, ZBTB7A, ZFHX3, ZNF217, ZNF703, ZRSR2 (* CNV inkl.)
Bei unserer NGS-Analytik von RNA werden bei Verwendung der hier aufgelisteten Panel alle Fusionen der genannten Gene -unabhängig vom Fusionspartner- nachgewiesen.
FusionPlex Lung v2 Panel (Archer/IDT):
Translokationen der Gene: ALK, BRAF, EGFR, ERBB2 (HER2), FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, PIK3CA, RET, ROS1
FusionPlex CSTM Expanded Sarcoma Panel (Archer/IDT):
Translokationen der Gene ALK, BCOR, BRAF, CAMTA1, CCNB3, CIC, CSF1, CTNNB1, EGFR, EPC1, ERG, ESR1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FOS, FOSB, FOXO1, FUS, GLI1, HMGA2, JAZF1, MBTD1, MDM2, MEAF6, MET, MGEA5, MKL2, NCOA1, NCOA2, NCOA3, NR4A3, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, PAX3, PDGFB, PDGFRA, PHF1, PLAG1, PRKCA, PRKCB, PRKCD, RAF1, RET, ROS1, SS18, STAT6, TAF15, TCF12, TFE3, TFG, USP6, VGLL2, YAP1, YWHAE
FusionPlex Heme v2 Panel (Archer/IDT):
Translokationen der Gene: ABL1, ABL2, ALK, BCL11B, BCL2, BCL3, BCL6, BCR, BIRC3, CBFB, CCND1, CCND2, CCND3, CD274, CDK6, CDKN2A, CEBPA, CEBPD, CEBPE, CEBPG, CHD1, CHIC2, CIITA, CREBBP, CRLF2, CSF1R, CTLA4, DEK, DUSP22, EBF1, EIF4A1, EPOR, ERG, ETV6, FGFR1, FOXP1, GLIS2, ID4, IKZF1, IKZF2, IKZF3, IRF4, IRF8, JAK2, KAT6A, KLF2, KMT2A, MALT1, MECOM, MKL1, MLF1, MLLT10, MLLT4, MUC1, MYC, MYH11, NF1, NFKB2, NOTCH1, NTRK3, NUP214, NUP98, P2RY8, PAG1, PAX5, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PICALM, PML, PRDM16, PTK2B, RARA, RBM15, ROS1, RUNX1, RUNX1T1, SEMA6A, SETD2, STIL, TAL1, TCF3, TFG, TP63, TYK2, ZCCHC7
FusionPlex Myeloid Focus Panel (Archer/IDT):
BCR-ABL Fusion, Fusionen der Gene CBFB, KMT2A, RBM15, NUP98, NUP214, RARA, RUNX1
FusionPlex Core Solid Tumor Panel (Archer/IDT):
Translokationen der Gene AKT1, ALK, AXL, BRAF, BRD3, BRD4, DNAJB1, EGFR, ERBB2 (HER2), ERBB4, ERG, ESR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, KIT, LTK, MAP2K1, MAP3K3, MAP3K8, MET, MYB, MYBL1, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, PAX8, PDGFRA, PIK3CA, PPARG, PRKCA, PRKCB, RAF1, RET, ROS1, TMPRSS2 und TRIM11
Mutationen der Gene AKT1, ALK, BRAF, CTNNB1, CYSLTR2, DDR2, EGFR, ERBB2 (HER2), ERBB4, ESR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, GNA11, GNAQ, GNAS, H3F3A, HIST1H3B, HRAS, IDH1, IDH2, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, POLD1, POLE, RET, ROS1, STK11 und TP53
FusionPlex Pan Solid Tumor Panel (Archer/IDT):
Translokationen der Gene ACVR2A, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, AR, ARHGAP26, ARHGAP6, AXL, BCOR, BRAF, BRD3, BRD4, CAMTA1, CCNB3, CCND1, CD274, CIC, CRTC1, CSF1, CSF1R, CTNNB1, DNAJB1, EGF, EGFR, EPC1, ERBB2 (HER2), ERBB4, ERG, ESR1, ESRRA, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, FGF1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGR, FOS, FOSB, FOXO1, FOXO4, FOXR2, FUS, GLI1, GRB7, HMGA2, HRAS, IDH1, IDH2, IGF1R, INSR, JAK2, JAK3, JAZF1, KIT, KRAS, MAML2, MAP2K1, MAST1, MAST2, MBTD1, MDM2, MEAF6, MET, MGEA5, MKL2, MN1, MSMB, MUSK, MYB, MYBL1, MYC, MYOD1, NCOA1, NCOA2, NCOA3, NFATC2, NFE2L2, NFIB, NOTCH1, NOTCH2, NR4A3, NRAS, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUMBL, NUTM1, PAX3, PAX8, PDGFB, PDGFD, PDGFRA, PDGFRB, PHF1, PHKB, PIK3CA, PKN1, PLAG1, PPARG, PRDM10, PRKACA, PRKACB, PRKCA, PRKCB, PRKCD, PRKD1, PRKD2, PRKD3, RAD51B, RAF1, RELA, RET, ROS1, RSPO2, RSPO3, SS18, SS18L1, STAT6, TAF15, TCF12, TERT, TFE3, TFEB, TFG, THADA, TMPRSS2, USP6, VGLL2, WWTR1, YAP1, YWHAE
TruSight Oncology 500 (TSO500) RNA (Illumina):
ABL1, AKT3, ALK, AR, AXL, BCL2, BRAF, BRCA1, BRCA2, CDK4, CSF1R, EGFR, EML4, ERBB2 (HER2), ERG, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, EWSR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLI1, FLT1, FLT3, JAK2, KDR, KIF5B, KIT, MET, MLL, MLLT3, MSH2, MYC, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PAX3, PAX7, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PPARG, RAF1, RET, ROS1, RPS6KB1, TMPRSS2
Panel für die Liquid Biopsy-Diagnostik (DNA)
Panel für die Translokationsdiagnostik (RNA)
Interpretation der Daten
HSMD (Qiagen):
Für die Interpretation der nachgewiesenen Mutationen wird neben verschiedenen öffentlichen Datenbanken (ClinVar, OncoKB, CKB, u.a.), primär die webbasierte "Human Somatic Mutation Database" (HSMD) der Firma Qiagen herangezogen, die die Mutationseinstufungen verschiedener Datenbanken mit Interpretationen aus der Literatur verknüpft. Zudem sind hier zahlreiche Information über Therapien und Studien, aber auch über die Gene selbst abrufbar. Diese von Experten kuratierte Datenbank enthält Inhalte aus über 400.000 klinischen Onkologiefällen aus der Praxis, kombiniert mit Inhalten aus der Qiagen Knowledge Base (QKB), die Informationen auf Gen-, Mutations- und Krankheitsebene bereitstellt.
MH Guide (Molecular Health):
Bei umfangreichen Multigen-Analysen erfolgt die Bewertung und Interpretation der Ergebnisse u.a. über die MH Guide-Plattform von Molecular Health. MH Guide ist eine Analyse-Software, die Molekularpathologen bei der Analyse umfangreicher molekularer Datensätze unterstützt. Sie identifiziert automatisiert die genetischen Varianten, die für die Behandlung der Patienten relevant sind. Durch die Anwendung von Dataome – einer der weltweit größten, von Experten kuratierten, lernenden Datenbanken – übersetzt MH Guide diese Informationen in direkt anwendbares klinisches Wissen, welches in einem Report zusammengefasst wird. Die Datenbank liefert neben der molekularen auch eine prognostische und prädiktive Einstufung der Mutationen. Es werden zu jeder Mutation erfolgsversprechende Therapieoptionen vorgeschlagen, sowie geprüft, ob aktuelle - zum Patienten passende - Studien international verfügbar sind.